O momento da cirurgia para crianças com doença pré-cardíaca depende do tipo de doença e da sua gravidade. Teoricamente, as crianças com doença pré-cardíaca com mais de 2 anos de idade terão alterações orgânicas no seu leito vascular pulmonar e devem ser operadas com antecedência. O princípio é operar numa idade precoce, se possível, para melhorar o fornecimento de sangue sistémico e a oxigenação o mais cedo possível, e operar para corrigir lesões anatómicas secundárias antes que estas se agravem. As crianças com sintomas e lesões leves que têm pouco impacto no crescimento e desenvolvimento (por exemplo, pequenos defeitos do septo atrial, pequenos defeitos do septo ventricular) podem não ser operadas porque têm potencial para sarar naturalmente (geralmente dentro de 2 anos de idade e com menor probabilidade de sarar após os 5 anos de idade), mas devem ser acompanhadas de seis em seis meses a um ano para monitorizar as alterações na pressão da artéria pulmonar e a cura do defeito, e para determinar se devem operar e quando devem operar. Os doentes com sintomas óbvios (por exemplo, infecções respiratórias recorrentes, pneumonia, insuficiência cardíaca) e lesões graves (por exemplo, drenagem ectópica venosa pulmonar completa, defeito do septo atrial, grande defeito do septo ventricular, grande canal arterial patente, ou crianças com malformações complexas) devem ser operados atempadamente; as crianças com tetralogia de Fallot precisam de ser operadas dentro dos 2 anos de idade (de preferência dentro de 1 ano), uma vez que a hipoxia a longo prazo afectará o desenvolvimento de outros órgãos, exacerbará malformações secundárias, e afectará o desenvolvimento de outros órgãos. Em crianças com cianose grave, como a transposição das grandes artérias e atresia pulmonar, a cirurgia deve ser realizada imediatamente no período neonatal; em certos neonatos com hipoxemia grave, desequilíbrio ácido-base e deterioração progressiva, ou com infecções respiratórias recorrentes, insuficiência respiratória, insuficiência cardíaca, onde o tratamento médico não é eficaz, a cirurgia deve ser realizada o mais rapidamente possível. Algumas malformações graves requerem cirurgia por fases, com cirurgia paliativa na infância seguida de cirurgia radical na segunda fase, dependendo da condição. A detecção precoce, o diagnóstico e o tratamento são fundamentais.