A principal causa deste tipo de doença é o fungo, que tende a crescer e a multiplicar-se em ambientes quentes e húmidos. Quando o canal auditivo externo fica encharcado ou acumula grandes quantidades de secreções, e quando se usam gotas auriculares antibióticas durante muito tempo, fica susceptível a infecções fúngicas. O princípio do tratamento consiste na utilização de medicação tópica e em manter o canal auditivo externo limpo e seco. Antes do tratamento, a secreção deve ser enviada para cultura bacteriana para identificar o tipo de infecção como uma infecção fúngica. O canal auditivo externo pode ser limpo com uma solução de ácido bórico para manter a área seca, e podem ser aplicados topicamente cremes antifúngicos como o Dacronin. Se houver uma combinação significativa de doenças sistémicas, como a doença do sistema imunitário do diabético, a doença primária tem de ser tratada antes de a infecção fúngica do canal auditivo externo poder ser eficazmente controlada. Apenas no caso de otite externa fúngica, que é difícil de curar, a medicação antifúngica sistémica é uma opção.