Existem duas causas principais para o atraso da menstruação: 1. A menopausa relacionada com a gravidez tem de ser excluída e os factores relacionados com a gravidez podem ser excluídos através da monitorização da HCG no sangue ou na urina. O corpo segrega uma hormona especial chamada gonadotropina coriónica (HCG) após a gravidez, que duplica à medida que o número de dias da menopausa aumenta, pelo que a monitorização da HCG no sangue ou na urina pode determinar qualitativamente se a gravidez é a causa. 2. O factor mais comum são as perturbações endócrinas que provocam atrasos na menstruação, sendo a mais comum a anovulação. O factor mais comum é o atraso da menstruação devido a perturbações endócrinas. A espessura do endométrio pode ser determinada por monitorização ecográfica e pode ser efectuado um teste de retirada da progesterona após ter sido excluída a gravidez.