A dispepsia funcional é relativamente grave quando não é tratada durante um longo período de tempo, com um risco elevado de complicações como a desnutrição e a doença do refluxo gastro-esofágico (DRGE), que requerem uma intervenção imediata.
A dispepsia funcional, enquanto perturbação gastrointestinal funcional sem lesões orgânicas, tem geralmente um bom prognóstico.
No entanto, se não for tratada durante um longo período de tempo, pode ainda provocar desnutrição, perturbações do sono, ansiedade, depressão e outras anomalias, e mesmo o aparecimento de doença do refluxo gastro-esofágico, úlcera péptica e outras doenças orgânicas, o que terá um impacto negativo a longo prazo na saúde física e mental do doente, sendo por isso mais grave.
Por conseguinte, se a dispepsia funcional não tiver sido curada durante muito tempo, o tratamento geral e o tratamento medicamentoso devem ser efectuados atempadamente, a fim de se obter um bom prognóstico. Entre eles, o tratamento geral inclui o estabelecimento de bons hábitos de vida e alimentares, etc., enquanto a medicação é normalmente utilizada para inibir os medicamentos contra o ácido gástrico (como o pantoprazol), estimulantes gastrointestinais (como a etoprida), etc.
No entanto, é de salientar que o tratamento da dispepsia funcional deve ser efectuado estritamente sob a orientação de um médico e não deve ser eliminado cegamente por si só para evitar consequências adversas.