Clinicamente, não existe uma reação mais adversa, a gastroscopia geral ou a colonoscopia, e diferentes doentes têm diferentes reacções adversas à gastroscopia geral e à colonoscopia. Os doentes têm de ser entubados durante a gastroscopia geral, o que tem algum impacto na faringe e no esófago, e, após a gastroscopia geral, há uma sensação de desconforto no esófago, que se manifesta sob a forma de distensão do estômago, dor ligeira com cãibras, um pouco de náuseas, etc. Normalmente, esta sensação diminui ou desaparece em meio dia. Quando os doentes são submetidos a colonoscopia geral, a principal razão é que, durante a colonoscopia, é injetado gás nos intestinos e puxa os tubos intestinais, o que provoca dor abdominal e desconforto perianal. Alguns doentes têm dificuldade em realizar a colonoscopia devido a cirurgias abdominais ou à curvatura do intestino durante o procedimento, o que pode provocar dores abdominais graves e um desconforto intolerável. Os efeitos adversos da gastroscopia e da colonoscopia acima referidos também se verificam nalguns doentes e os doentes que se encontram em boas condições físicas podem não sentir quaisquer sintomas de desconforto. Por conseguinte, não existem mais ou menos efeitos adversos da gastroscopia e da colonoscopia geral, estes variam de pessoa para pessoa.