É muito pouco provável que a RM do cérebro em crianças cause danos porque é uma forma de imagem nuclear, ao contrário da TC da cabeça, que se deve à radiação e tem um elevado nível de radiação para crianças e deve ser feita com parcimónia. A RM do cérebro não é radioactiva e tem muito pouco efeito no cérebro, pelo que é menos prejudicial para as crianças fazer uma RM do cérebro. As crianças recebem medicamentos sedativos, tais como hidrato de cloral, para lhes permitir uma melhor ressonância magnética do cérebro e evitar imagens perturbadoras, pelo que têm menos probabilidades de serem prejudicadas por uma ressonância magnética do cérebro.