A gastroscopia pode ser bastante incómoda, uma vez que é introduzido um tubo no corpo, pelo que pode ser até certo ponto desconfortável, mas o grau desta sensação varia de pessoa para pessoa. Algumas pessoas são suficientemente corajosas para passar pela gastroscopia com facilidade, enquanto outras são mais nervosas e, por isso, sentem-se mais desconfortáveis. A gastroscopia é efectuada principalmente através da boca, pelo que a maioria das pessoas sente náuseas, sustém a respiração e pode até vomitar. A colonoscopia é efectuada através do ânus e pode causar dores abdominais e inchaço. No entanto, se tiver coragem suficiente para se submeter a uma gastroscopia, esta pode ser efectuada em poucos ou dez minutos. Se não conseguir ultrapassar os seus medos, pode também optar por uma gastroscopia indolor, mas existem riscos associados à anestesia e aos efeitos secundários da anestesia, por isso tente ser suficientemente corajoso para se submeter a uma gastroscopia geral.