O facto de uma gastroscopia ser ou não incómoda depende muito do estado geral da pessoa que está a ser examinada. Em primeiro lugar, se a doença for relativamente ligeira, a gastroscopia demorará menos tempo e será menos dolorosa. Se a doença for mais grave e, para além do exame, necessitar de tratamento adicional sob o espelho, o procedimento será mais demorado e a dor será maior. Em segundo lugar, o estado psicológico da pessoa que está a ser examinada também impõe exigências à operação. Se o doente estiver menos stressado ou não estiver num bom estado mental, será mais sensível ao procedimento de gastroscopia. A seguir, há a tolerância digestiva e intestinal do próprio doente, que também é uma questão a considerar, sendo que as pessoas mais jovens reagem mais fortemente do que as pessoas mais velhas. Se o doente precisar realmente de uma gastroscopia e estiver preocupado com a dor da gastroscopia, está actualmente disponível a gastroscopia indolor.