As crianças com doenças cardíacas congénitas podem ter filhos após a cirurgia para corrigir as suas deformidades. Em primeiro lugar, a doença cardíaca é uma doença circulatória, enquanto que a fertilidade é uma doença reprodutiva, e enquanto o sistema reprodutivo for saudável, as crianças podem nascer enquanto a sua função cardíaca o permitir. Em segundo lugar, a doença cardíaca congénita é uma doença genética poligénica e é agora aceite que a doença cardíaca congénita é causada ou por factores genéticos ou ambientais ou por uma combinação de ambos, sendo este último o mais importante. Portanto, a futura criança nascida de uma mãe ou pai com doença cardíaca congénita pode não ter necessariamente a doença, embora, claro, todas as pessoas com doença cardíaca congénita desejem ter um filho saudável quando eles próprios se tornam pais. A melhor maneira de o fazer é fazer o rastreio pré-marital e o aconselhamento genético antes do casamento. Os pais com doença cardíaca congénita podem fazer um teste cromossómico antes do casamento para excluir factores genéticos, ir a um especialista cardíaco para fazer uma revisão da ecografia cardíaca e avaliar a adequação da função cardíaca para o parto e o tipo de método de parto, e ouvir o conselho de um especialista, dependendo do tipo de doença. Se uma mãe que teve uma substituição de válvula estiver a tomar anticoagulantes orais, o regime de tratamento deve ser ajustado durante a gravidez. Um exame ultra-sónico do coração durante o período fetal pode também detectar doenças cardíacas congénitas graves a tempo de serem detectadas e tratadas precocemente.