De um modo geral, as fístulas anais não constituem um risco de vida.
No entanto, para os doentes idosos, fracos e imunocomprometidos, também com outras doenças de órgãos, podem afetar a esperança de vida
Devido ao facto de a fístula anal conter um grande número de bactérias, é fácil a ocorrência de infecções repetidas, o pus da boca exterior, se a boca exterior estiver bloqueada, formará um abcesso, se as bactérias ou toxinas entrarem na corrente sanguínea, agravará a doença original, causando facilmente bacteriemia ou sépsis, etc., e até mesmo levando à falência de múltiplos órgãos, podendo causar choque infecioso grave.
Em geral, a fístula anal raramente se autocura e, se não for tratada a tempo, pode recidivar, podendo mesmo provocar abcessos rectais, perianais ou mesmo cancro. Assim, uma vez diagnosticada a fístula anal, é necessário ir atempadamente ao departamento anorrectal do hospital, após um diagnóstico claro, sob a orientação de médicos profissionais, cooperar ativamente com o tratamento, para evitar atrasar a doença.