As enzimas são geralmente divididas em enzimas simples e enzimas ligadas, nem todas as quais são proteínas. Nem todas as enzimas são proteínas, mas a maioria delas são proteínas, como as proteases simples, que são compostas principalmente por proteínas. As enzimas proteicas ligadas são formadas pela combinação de um componente proteico com um componente não proteico. Apenas as enzimas com esta combinação de substâncias podem ser biologicamente activas, sendo também conhecidas como holoenzimas. As enzimas constituídas por proteínas puras são maioritariamente constituídas por proteínas.