A doença inflamatória intestinal (IBD) inclui principalmente a doença de Crohn (DC) e a colite ulcerosa (UC). Embora os antibióticos sejam geralmente utilizados clinicamente para tratar a DII, até à data não existem provas conclusivas de que os antibióticos sejam eficazes na DC e na CU. O uso clínico de antibióticos para o tratamento da DII baseia-se em estudos que mostram que as bactérias na luz intestinal desempenham um papel importante na patogénese da DII. É feita a hipótese de que os antibióticos podem influenciar a regressão da DII ao: 1) reduzir a concentração de bactérias e fungos no intestino de pacientes com DII; 2) alterar a composição da flora intestinal e promover o crescimento de bactérias probióticas; 3) reduzir a invasão de tecidos por bactérias no intestino e tratar alguns microabcessos. Os antibióticos não são actualmente utilizados universalmente no tratamento da U C. Houve vários estudos-piloto controlados utilizando antibióticos no tratamento de pacientes com U CU, mas os resultados têm sido inconsistentes. É geralmente aceite que os antibióticos têm pouco ou nenhum valor terapêutico no U C activo. No entanto, os antibióticos podem ter valor em colite fulminante complicada por abcessos ou no desenvolvimento de megacólon tóxico. Os antibióticos de largo espectro devem ser utilizados, especialmente se estes doentes também estiverem a receber corticosteróides. A relação entre os indicadores antimicrobianos e a eficácia dos medicamentos antibacterianos não é clara, e é incerto se os estudos de eficácia de um determinado antibiótico podem ser aplicados a outros antibióticos. A maioria dos antibióticos apenas altera temporariamente a concentração de bactérias no intestino e as bactérias voltarão a acumular-se na mucosa após a conclusão do tratamento. Por conseguinte, medicamentos como o metronidazol e a ciprofloxacina são normalmente utilizados como um tratamento complementar eficaz. Estudos têm sido relatados mostrando que os antibióticos são eficazes no tratamento de doentes com DC e, segundo vários peritos, a aplicação de antibióticos para a DC pode ser um tratamento mais razoável como tratamento de primeira linha ou em combinação com agentes imunossupressores. Esta hipótese é ainda apoiada pelos resultados de estudos recentes, que indicam que o uso de nitroimidazol ou clofazimina a longo prazo é eficaz em doentes com DC. Contudo, há ainda muitas questões que precisam de ser abordadas, e se estas forem resolvidas no futuro, poderão ser desenvolvidas melhores estratégias de tratamento para a causa da doença. Por conseguinte, é importante vir ao hospital para mais investigações antes de decidir sobre medicação para a doença inflamatória intestinal. Não utilizar os antibióticos de ânimo leve, pois isto pode atrasar a doença e perturbar o microambiente intestinal normal.