1. enterite infecciosa aguda: causada por várias infecções bacterianas. Existem frequentemente características epidemiológicas (por exemplo, história de alimentos impuros ou contacto com áreas infectadas), início agudo com febre e dor abdominal, auto-limitação (geralmente alguns dias a uma semana, não mais de 6 semanas); os anti-inflamatórios são eficazes; o diagnóstico é confirmado pela detecção de agentes patogénicos nas fezes. 2. enteropatia amebica: características epidemiológicas, fezes tipo geleia, úlceras colonoscópicas profundas com margens subterrâneas, intercaladas com mucosa de aspecto normal. O tratamento antiamoebico é eficaz em casos altamente suspeitos. 3. esquistossomose intestinal: história de exposição, muitas vezes com hepatomegalia e esplenomegalia. O diagnóstico definitivo depende do exame fecal positivo para ovos de esquistossoma ou lagartas; na fase aguda, a rectosigmoidoscopia revela grânulos amarelo-acastanhados na mucosa, e a biopsia das pressões da mucosa ou histopatologia revela ovos de esquistossoma. Os testes imunológicos são úteis para a diferenciação. Outros: tuberculose, enterite fúngica, enterite associada a antibióticos (incluindo enterite pseudomembranosa), colite isquémica, enterite por radiação, enterite eosinofílica, púrpura alérgica, colite colagénica, leucose, polipose colónica, diverticulite colónica e infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (VIH) devem ser distinguidos desta doença. É também importante notar que as alterações inflamatórias ligeiras no recto na colonoscopia que não satisfazem os outros critérios de diagnóstico para a CU são frequentemente inespecíficas e devem ser cuidadosamente investigadas quanto à etiologia e monitorizadas quanto a alterações no estado.