Normalmente, as fissuras anais crónicas só podem ser curadas através de intervenção cirúrgica. Se o tratamento não cirúrgico da fissura anal aguda for ineficaz, ou se a fissura tiver mais de 8 semanas e formar uma fissura anal crónica, é normalmente necessária uma intervenção cirúrgica. O procedimento mais utilizado é a esfincterotomia interna parcial, que alivia ou elimina o espasmo através do corte de parte do músculo do esfíncter interno para curar a fissura, mas existe um risco de incontinência anal com este procedimento. Além disso, existe a ressecção da fissura anal, ou seja, a excisão cirúrgica de todas as hemorróidas anteriores, papilas anais hipertrofiadas e fissuras ulceradas para formar uma ferida fresca, combinada com banhos de assento de água morna para promover a cicatrização da ferida; se a fissura for relativamente grande, também pode ser utilizado um transplante de retalho da pele à volta do canal anal. Recomenda-se que os doentes com fissura anal crónica sigam as instruções do médico para regular o tratamento e, ao mesmo tempo, comam mais legumes e frutos que contenham fibras, o que pode ajudar a controlar a condição, manter o efeito terapêutico e promover a recuperação da doença.