A medicação para a prostatite é geralmente administrada durante 7 dias, podendo ser prolongada até 14 dias se a inflamação for grave. Na medicação para a prostatite são geralmente utilizados medicamentos antibacterianos, como as quinolonas, como a ciprofloxacina, a ofloxacina, etc., bem como algumas cefalosporinas, como a ceftriaxona, a tobramicina, a ampicilina, etc. A eritromicina e a azitromicina podem ser utilizadas no caso de clamídia, a ceftriaxona no caso de infecções gonocócicas e o metronidazol no caso de infecções anaeróbicas. Entretanto, o tratamento também inclui repouso ativo no leito, ingestão de muitos líquidos, e alguns medicamentos analgésicos, antiespasmódicos e antipiréticos podem ser utilizados para aliviar os sintomas. Se houver sintomas de retenção urinária aguda, deve evitar-se a cateterização através da uretra, podendo ser utilizada uma fístula de punção suprapúbica. Uma vez manifestados os sintomas de prostatite, deve evitar tomar medicamentos por si próprio, dirigir-se atempadamente ao hospital, sob a orientação do médico, para um tratamento adequado.