A gastroenteroscopia pode ser efectuada durante a gravidez, mas a gastroenteroscopia com anestesia geral não é geralmente permitida. A gastroenteroscopia é um tubo introduzido no trato digestivo de uma pessoa para ser examinado e a gravidez não constitui uma contraindicação, pelo que as mulheres grávidas podem realizá-la. A gastroenteroscopia indolor requer geralmente anestesia geral intravenosa, o que pode afetar o feto, pelo que as mulheres grávidas devem informar o médico de que estão grávidas e este pode decidir se a consulta deve ser realizada em função da situação. Se se tratar apenas de um exame físico, deve tentar-se reduzir o número de exames invasivos durante a gravidez, para evitar abortos espontâneos. Se for necessário efetuar o exame, este deve ser realizado sob a orientação do médico. Se ocorrer alguma anomalia durante a gravidez, deve dirigir-se atempadamente ao hospital para ser examinada e tratada sob a orientação do médico.