As úlceras na boca devem ser tratadas em primeiro lugar para detetar doenças sistémicas e também para regular o estado mental e reduzir as insónias. Se necessário, podem ser utilizados suplementos vitamínicos, como sulfato ferroso, ácido fólico e/ou vitaminas do complexo B e vitamina C. Também é aconselhável utilizar medicação adequada para promover a cicatrização, como pomada de tretinoína, e se a úlcera for profunda e grande pode optar por utilizar suspensão de acetato de prednisolona para encerramento local, e pode utilizar eco laser ou luz ultravioleta intra-oral para irradiação, que são meios físicos para tratar úlceras persistentes. E se uma úlcera na boca for causada por um sistema imunitário fraco, este deve ser imediatamente regulado. Os medicamentos habitualmente utilizados incluem injecções de levamisole e timidina, que melhoram a resistência do organismo e previnem úlceras recorrentes. Os colutórios também podem ser utilizados, se necessário, como furacilina líquida ou clorexidina composta.