Em alguns doentes críticos, idosos e frágeis, quando tossem, a expetoração não é fácil de expelir, a expetoração é fácil de reter nos brônquios e ocorre o agravamento da insuficiência respiratória e a infeção pulmonar é difícil de melhorar. Neste momento, a broncoscopia é frequentemente necessária para aspirar as secreções na traqueia, mas os seguintes efeitos secundários podem ocorrer durante a aspiração broncoscópica. O primeiro e mais comum é a tosse com sangue, que é causada por hemorragia traumática da parede traqueal devido a uma inserção incorrecta ou ao manuseamento grosseiro do broncoscópio e à tosse violenta do doente. A segunda é a hipoxémia, que ocorre quando a laringe e a traqueia são irritadas e o espasmo induzido pelo procedimento de traqueoscopia se manifesta como hipoxia. Além disso, existem complicações cardíacas, sendo mais provável que os doentes apresentem um aumento da frequência cardíaca, arritmia e, raramente, paragem cardíaca. Além disso, um pequeno número de doentes, especialmente os doentes com doença pulmonar obstrutiva crónica e os doentes idosos, são susceptíveis à propagação de infecções e febre durante a irrigação traqueoscópica e a aspiração da expetoração.