As bolhas longas da doença da mão, do pé e da boca podem ser esfregadas com bórax de gelo, solução de violeta de metilo, pomada de eritromicina e outros medicamentos para tratamento.
As bolhas longas da pele da doença da mão, do pé e da boca precisam de prestar atenção à proteção da pele, para evitar danos por arranhões. Se necessário, pó de boro gelado opcional com diluição de água destilada dissolvida com um cotonete desinfetante mergulhado revestido na zona afetada, utilizado principalmente para bolhas na boca. Se as bolhas se romperem, pode ser aplicado localmente violeta de metilo a 1% ou pomada antibiótica, como a eritromicina e a pomada de mupirocina, para tratamento anti-infecioso.
Os doentes com HFMD podem também ter de ser tratados por outras vias de administração, se necessário. No entanto, qualquer escolha de medicamentos tem de ser feita sob a orientação de um médico profissional, e não por automedicação, de modo a evitar a utilização incorrecta de medicamentos e o agravamento da doença.