O método mais comum de usar a injecção de progesterona é a injecção intramuscular, onde a injecção de progesterona é injectada directamente numa seringa e injectada intramuscularmente no músculo glúteo máximo do paciente, que pode ser rodado em ambos os lados do glúteo. Como a injecção de progesterona é uma solução oleosa, a concentração da droga é relativamente grande, pelo que haverá resistência no meio do processo de injecção, pelo que o paciente sentirá dor e inchaço no local da injecção, o que é normal. É normal que o paciente sinta dor e inchaço no local da injecção. O local da injecção intramuscular também é propenso à dureza ou dor, o que leva alguns dias a recuperar. Não injectar progesterona demasiado depressa, uma vez que isto pode facilmente causar dor, mas empurrar a medicação de forma lenta e uniforme. Não injectar repetidamente numa área, pois isto tende a aumentar a probabilidade de dureza localizada. Quando a condição tiver estabilizado, as injecções podem ser substituídas por progesterona oral, que está disponível como softgels de progesterona, e também como comprimidos de dydrogesterone.