No caso dos quistos hepáticos isolados, a menos que ocorram complicações como a rutura do quisto, a torção do pedículo quístico ou a hemorragia intracística, o tratamento cirúrgico de emergência e a cirurgia electiva devem basear-se no tamanho e na localização do quisto, bem como no estado geral do doente e na auto-consciência dos sintomas. Os quistos hepáticos isolados assintomáticos encontrados ocasionalmente durante o exame físico podem ser temporariamente tratados de forma conservadora, com observação regular por ultrassonografia, sendo necessário estar atento à ocorrência de alterações malignas. Os quistos hepáticos de grandes dimensões com sintomas devem ser tratados cirurgicamente, uma vez que os tratamentos conservadores, como a punção e a aspiração, são geralmente propensos a recidivas e trazem a possibilidade de contaminação bacteriana. O fígado policístico deve, normalmente, ser tratado de forma não cirúrgica e, como as lesões envolvem todo o fígado, a doença não pode ser curada, exceto através de um transplante hepático. No entanto, quando o fígado policístico afecta a circulação respiratória devido à hepatomegalia que comprime o tórax e o abdómen, deve ser considerada a descompressão cirúrgica. Dependendo das condições específicas, os seguintes métodos cirúrgicos podem ser usados: 1, hepatectomia; 2, cistectomia; 3, abertura do cisto ou ressecção maior do cisto; 4, drenagem interna do cisto; 5, punção do cisto e escleroterapia. Cirurgia do fígado poliquístico: a menos que a lesão seja limitada a um lobo do fígado e acompanhada de sintomas, ou suspeita de alterações malignas, geralmente não defendem o tratamento cirúrgico. Quando se verifica que os quistos individuais estão a aumentar rapidamente, comprimindo os órgãos vizinhos e afectando seriamente a vida quotidiana ou a função cardiorrespiratória do doente, pode proceder-se à punção e aspiração repetidas dos quistos maiores. Se o estado geral do doente for bom e a função hepática for normal, pode também ser efectuada uma cirurgia de janela para reduzir a pressão, aliviar os sintomas e promover a regeneração das células hepáticas. O transplante hepático pode ser efectuado, se possível, para erradicar completamente a doença. Tratamento do fígado poliquístico combinado com rim poliquístico: o tratamento do fígado poliquístico refere-se ao esquema acima. Quando não há sintomas de rim poliquístico, a função renal pode ser observada e verificada regularmente. Se aparecerem sintomas (como dor lombar, hematúria, hipertensão, insuficiência renal, etc.), é necessário tratamento cirúrgico, incluindo punção ou incisão dos quistos para reduzir a pressão do quisto, o que pode por vezes atrasar a progressão da lesão e a insuficiência renal, e terapia de diálise, se necessário. Para uma cura radical, é necessário um transplante de rim.