As causas da urina malcheirosa são infecções purulentas do trato urinário, tais como uretrite, cistite aguda, pielonefrite, abcesso renal, tuberculose renal e outras doenças, porque a urina contém muitas células pus e produtos do metabolismo bacteriano que levam a urina malcheirosa, e também haverá micção frequente, urgência, dor urinária, hematúria e outras irritações da bexiga, que precisam de ser diagnosticadas por testes de rotina de urina e cultura de urina. Também está relacionada com os hábitos alimentares pessoais. Por exemplo, após a ingestão de alimentos muito calóricos, com muito açúcar e carne, pode levar a um aumento do teor de proteínas na urina, quando uma pequena quantidade de bactérias na urina decompõe as proteínas, o que faz com que a urina cheire mal. Os homens circuncidados ou com fimose têm muitas secreções locais e escamas do prepúcio e, quando combinados com infecções bacterianas, também apresentam um odor a peixe quando urinam.