Depois de tomar as cápsulas de progesterona, existe naturalmente a possibilidade de efeitos secundários, mas a gravidade e o desempenho específico dos efeitos secundários não são exactamente os mesmos de um indivíduo para outro. Os efeitos secundários que podem ocorrer após a toma de progesterona incluem: 1. Algumas mulheres sentirão dores de cabeça significativas, tonturas, náuseas e fadiga no início da progesterona, mas estas reacções adversas irão geralmente diminuir ou desaparecer após alguns dias de utilização. 2. A utilização a longo prazo da progesterona ou de grandes doses pode levar a lesões da função hepática e a transaminases elevadas. 3. As mulheres que tomam cápsulas de progesterona podem causar descoloração da pele, metabolismo anormal dos lípidos sanguíneos e aumentar a hipótese de doenças trombóticas.