O diagnóstico de endocardite precisa de ser feito a partir de uma apresentação sintomática e investigações acessórias.
Clinicamente, os doentes apresentam graus variáveis de febre com padrão de febre irregular e prolongada, juntamente com fadiga crónica, suores nocturnos, perda de apetite, perda de peso, dores articulares e pele pálida; a presença de murmúrios e manifestações cardíacas mais fortes; ou a presença de dor abdominal, hematúria, etc., combinadas com achados de hemocultura de bactérias e achados de ultra-sons cardíacos de válvulas anormais com organismos supérfluos, são geralmente diagnósticos.