O HPV pode geralmente ser dividido em mais de 160 subtipos, que por sua vez estão divididos em dois tipos principais, que podem ser classificados como de baixo risco ou de alto risco. Os vírus HPV de baixo risco e de alto risco causam doenças diferentes e são diferentes na sua patogenicidade. Os vírus HPV de baixo risco levam frequentemente a verrugas genitais e são geralmente conhecidos como HPV6 e HPV11. A infecção persistente a longo prazo com vírus HPV de alto risco pode levar a lesões cervicais malignas. A patogenicidade dos vírus HPV de alto risco também varia, sendo os HPV16 e HPV18 os mais patogénicos e podem causar 70% dos cancros cervicais, enquanto as infecções por HPV dos tipos HPV31, HPV33, HPV52 e HPV58 são também mais comuns em mulheres asiáticas.