As fezes verdes são o resultado de indigestão, desequilíbrio da flora intestinal e ingestão excessiva de vegetais verdes. Quando o corpo sofre de indigestão, não só ocorrem náuseas, vómitos, inchaço e dores abdominais, como também algumas pessoas sofrem de diarreia. A bilirrubina no resíduo alimentar não é capaz de reagir a tempo com as substâncias alcalinas no intestino, e porque o ambiente fecal é ácido, é oxidado à bilirrubina, resultando em fezes de cor esverdeada. Quando a Pseudomonas aeruginosa cresce em excesso no intestino, não só afecta a função de absorção do intestino, como também irrita a mucosa intestinal, fazendo com que o pus e o exsudado acompanhem as fezes, que podem ficar verdes e, portanto, as fezes também podem ficar verdes. Algumas pessoas têm fezes verdes devido a problemas dietéticos, tais como a ingestão excessiva de alimentos verdes, que podem levar a fezes verdes porque a clorofila não pode ser absorvida e metabolizada pelo organismo.