O misoprostol provoca dor na parte inferior do abdómen cerca de 20 minutos após a toma do medicamento, principalmente porque provoca a contracção do útero para que os produtos da gravidez possam ser expelidos, ocorrendo uma pequena hemorragia vaginal pouco depois do início da dor abdominal. Os produtos da gravidez são expelidos 2-6 horas após a toma do misoprostol. Além disso, devido a diferenças individuais, algumas pessoas podem ter uma reacção alérgica cerca de dez minutos após a toma de misoprostol, como uma pequena erupção cutânea vermelha que pode ser vista na parte interior das palmas das duas mãos, caso em que a doente pode sentir comichão nas palmas das mãos. Se os sintomas forem graves, está clinicamente indicado um tratamento anti-alérgico.