É comum que os resultados dos testes HPV sejam duas vezes diferentes. Há muitas razões para isto, e pode estar relacionado com a amostragem do material. O segundo teste também pode resultar em reinfecção, pelo que os pacientes não devem preocupar-se demasiado se os resultados forem diferentes. Isto porque a infecção por HPV pode ser eliminada pela imunidade do corpo em qualquer altura, mas também pode ser contraída em qualquer altura. Portanto, se um doente tiver uma infecção por HPV de alto risco, deve ser feito um teste celular de base líquida para procurar lesões cervicais pré-cancerosas.