As dificuldades estomacais a meio da noite devem-se principalmente a bolhas duodenais, úlceras duodenais e esofagite de refluxo. Quando a mucosa do sistema gastrointestinal é saudável, é protegida pela mucosa e não é, portanto, atacada pelo ácido estomacal. Contudo, se a barreira protectora da mucosa for danificada, com inflamação e ulceração da mucosa, o ácido estomacal irritará mais facilmente o revestimento do estômago e desencadeará sintomas de desconforto estomacal. A produção de ácido do organismo é ininterrupta, especialmente a meio da noite, quando este se encontra no seu auge. A ausência de alimentos no estômago faz com que o ácido seja descarregado no duodeno em alta intensidade, o que pode causar dores de estômago se houver inflamação ou ulceração na mucosa duodenal. Algumas pessoas terão esofagite de refluxo e é melhor dormir com o travesseiro elevado. Se dormir com a almofada demasiado baixa, o nível da cárdia será inferior ao do ácido estomacal, que então refluxirá mais facilmente para o esófago, causando danos na mucosa do esófago e, portanto, induzindo angústia no estômago a meio da noite.