A complicação mais grave da pielonefrite crónica é a uremia. Alguns casos de pielonefrite crónica devem-se à transformação intempestiva da pielonefrite aguda, enquanto a maioria dos casos se deve à presença de factores complexos do trato urinário, tais como a presença de cálculos renais, estenose da junção pieloureteral e refluxo ureteral e outras perturbações deste tipo, que conduzirão a danos crónicos na pélvis renal e, finalmente, evoluirão para pielonefrite crónica. Uma vez que a pielonefrite crónica é incurável, a doença renal desenvolve-se gradualmente e, finalmente, evolui para insuficiência renal crónica até à uremia. Ao entrar na fase de uremia, os doentes podem morrer devido a hipercalemia e insuficiência cardíaca grave. Por conseguinte, a complicação mais grave da pielonefrite crónica é a uremia. Depois de entrar na fase urémica, é necessária hemodiálise a longo prazo ou transplante renal, o que é relativamente adequado para a remoção de toxinas.