O vírus Coxsackie pode causar a doença das mãos, dos pés e da boca, bem como herpes-faríngeo. Tanto a faringite herpética como a DMPB são geralmente autolimitadas, com os sintomas a desaparecerem e a desaparecerem completamente no espaço de cerca de uma semana. Raramente, existem complicações associadas à doença e, nas crianças com complicações, existe o risco de efeitos residuais. Sem um bom tratamento, o coxsackievírus não é auto-resolúvel e deve ser levado a sério. A febre aftosa e a faringite herpética causadas pelo vírus coxsackie podem provocar complicações como miocardite, inflamação do fígado, meningoencefalite e até encefalite do tronco cerebral. A mais grave é a encefalite do tronco cerebral, que pode levar a uma DHFM grave ou a uma faringite por herpes, que pode ser fatal e deve ser levada a sério.