A azitromicina pode tratar infecções do trato urinário, mas é geralmente utilizada para tratar infecções causadas por Mycoplasma e Chlamydia, pelo que se deve escolher o agente antimicrobiano a aplicar de acordo com os resultados da sensibilidade ao medicamento. Os sintomas comuns da infeção do trato urinário incluem micção frequente, urgência, micção dolorosa, sensação de ardor na urina, alguns podem ter febre, dores nas costas, hematúria e outros sintomas. As bactérias, o micoplasma, a clamídia, os fungos e outros microrganismos causam habitualmente infecções do trato urinário. Após o diagnóstico de infeção do trato urinário, os doentes são aconselhados a fazer uma cultura de urina para determinar o tipo de bactéria que causa a infeção e a escolher antibióticos sensíveis de acordo com o teste de sensibilidade aos medicamentos. Clinicamente, se for uma infeção bacteriana, especialmente a E. coli mais comum pode escolher cefalosporina, anti-inflamatórios de quinolona, como cefixima, cefdinir, levofloxacina e assim por diante. Se for micoplasma, a infeção por clamídia é recomendada para escolher o tratamento com azitromicina. Recomenda-se que os doentes com infeção do trato urinário frequentem regularmente os hospitais, sigam as instruções do médico relativamente à medicação, não utilizem medicação não autorizada, de modo a não atrasar a doença.