Os riscos da gastroscopia indolor são geralmente baixos, mas existem alguns riscos. A gastroscopia permite observar o estado das membranas mucosas em várias áreas, incluindo o esófago, o estômago e o duodeno, e pode ajudar a determinar a presença de patologia do trato gastrointestinal superior. A gastroscopia indolor requer uma injeção de medicação anestésica, o que reduz o desconforto do doente, mas os riscos da gastroscopia mantêm-se. Uma pequena parte da população é alérgica aos fármacos anestésicos, o que pode provocar dificuldades respiratórias, ou mesmo paragem respiratória, e outras reacções adversas, que comportam um certo grau de risco. Além disso, o procedimento de gastroscopia indolor também pode causar danos na mucosa gástrica, provocando hemorragias, o que tem um certo impacto no organismo. A realização de uma gastroscopia indolor deve ser efectuada por um médico profissional, sob a orientação do médico que efectua o exame, e não por conta própria.