A colonoscopia de rotina não é normalmente recomendada para crianças com gastroenterite, mas se a doença o exigir, pode ser efectuada sob a supervisão de um médico. Se uma criança tiver gastroenterite, a colonoscopia de rotina não é geralmente recomendada. Isto porque a colonoscopia pode causar um desconforto grave e tem de ser efectuada sob anestesia, o que é arriscado para as crianças. Além disso, as crianças são pequenas e têm um baixo nível de cooperação, pelo que a colonoscopia de rotina não é recomendada para crianças pequenas. As crianças com gastroenterite são normalmente tratadas sintomaticamente com dieta e medicação, e a colonoscopia é apenas um meio auxiliar de exame, que é geralmente escolhido com precaução. Se a gastroenterite de uma criança for recorrente e persistente, pode ser efectuada uma colonoscopia após uma avaliação médica e de acordo com as instruções do médico.