Não deve tomar morfolina em caso de diarreia. A diarreia deve-se principalmente à presença de inflamação no intestino, que provoca irritação dos músculos lisos, resultando em contracções espasmódicas e aumento da velocidade peristáltica. Durante a diarreia, os intestinos estão num estado hiperactivo e o conteúdo é expelido rapidamente. A morfolina é um estimulante gastrointestinal que acelera a motilidade gastrointestinal. A morfolina pode ser tomada quando a motilidade gastrointestinal é insuficiente e pode ajudar a melhorar a situação, mas pode agravar a situação quando a motilidade gastrointestinal é hiperactiva. Quando se tem diarreia, deve-se tomar principalmente medicamentos que inibem o peristaltismo intestinal, como o montelucaste, que não só inibe o peristaltismo intestinal, mas também absorve substâncias tóxicas libertadas por bactérias e vírus no intestino e, portanto, pode alcançar uma rápida antidiarreia. Algumas pessoas têm diarreia relacionada com uma infecção bacteriana e precisam de ser tratadas com antibióticos como a levofloxacina e a amoxicilina.