O transplante autólogo de células estaminais hematopoiéticas é efectuado principalmente em doentes com linfoma, mieloma múltiplo e mesmo com certas leucemias. Relativamente à duração do transplante, normalmente demora 1 mês desde o início do procedimento na cápsula, do pré-tratamento até à alta. Este período de 1 mês inclui o pré-tratamento, que é uma quimioterapia muito intensiva, através da qual algumas células más dentro da medula óssea são completamente mortas, e depois a medula óssea é apoiada pela transfusão das suas próprias células estaminais para criar sangue, o que é relativamente seguro. O tempo necessário é, geralmente, depois de os leucócitos terem voltado ao normal e o doente poder ter alta após cuidados adequados, quando os leucócitos estão estáveis, a hemoglobina e as plaquetas estão estáveis, ou seja, não ocorreu nenhuma infeção grave e a função hematopoiética foi restaurada. Os riscos são relativamente baixos. É também uma opção de tratamento para a maioria dos doentes idosos, ou seja, para alguns doentes idosos com leucemia com idades compreendidas entre os 50 e os 65 anos.