O desconforto do estômago depois de tomar medicamentos à base de ervas é um fenómeno normal. Alguns medicamentos à base de ervas têm um sabor desagradável e uma textura pobre. A maioria dos medicamentos à base de ervas tem um sabor amargo e este gosto amargo pode causar desconforto ao paciente, pelo que alguns pacientes têm desconforto estomacal depois de tomarem medicamentos à base de ervas. Além disso, os doentes podem também sofrer de desconforto estomacal se não tomarem o medicamento correctamente, como por exemplo, tomando-o demasiado depressa ou de manhã com o estômago vazio. Além disso, alguns medicamentos à base de plantas têm um efeito estimulante no tracto digestivo e podem causar desconforto estomacal.