A heparina cálcio tem um efeito anticoagulante e é utilizada clinicamente para prevenir a formação de trombos e, no caso de trombos já formados, para prevenir a expansão dos trombos, principalmente nos seguintes casos: i. Utilização profiláctica em cirurgias com risco de tromboembolismo, tais como cirurgias ortopédicas da anca e do joelho. ii. Para o tratamento de trombose venosa profunda já formada, o método utilizado é a injecção subcutânea. Pode ser utilizado para a anticoagulação de angina de peito instável e na fase aguda do enfarte do miocárdio, geralmente em combinação com aspirina ou clopidogrel, que têm efeitos de agregação antiplaquetária. Em hemodiálise para prevenir a formação de coágulos na circulação extracorpórea, a heparina do cálcio pode induzir trombocitopenia, pelo que a contagem de plaquetas deve ser monitorizada dinamicamente durante a utilização e deve ser interrompida se a contagem de plaquetas cair mais de 30% em relação aos valores basais.