A forma mais rápida de eliminar os quistos subcutâneos é removê-los cirurgicamente, sendo que alguns deles não requerem tratamento especial e requerem observação regular. A maioria dos quistos subcutâneos é causada pelo bloqueio dos ductos das glândulas sebáceas, o que leva à acumulação de sebo nas glândulas e forma gradualmente quistos subcutâneos. Se o tamanho do quisto subcutâneo for pequeno e não existirem sintomas, pode ser temporariamente observado sem tratamento especial; se o tamanho for relativamente grande e existirem sintomas de pressão local, a forma mais rápida de os eliminar é a remoção cirúrgica. A cirurgia é geralmente efectuada sob anestesia local, o quisto é completamente removido e a amostra cortada é enviada rotineiramente para biópsia patológica. Se a inflamação do quisto pré-operatório for mais óbvia, há uma sensação de flutuação, pode primeiro fazer um tratamento anti-inflamatório, geralmente pode ser usado externamente pomada de mupirocina, pomada de eritromicina e outros medicamentos antibióticos para tratamento anti-infecioso, e esperar até que a inflamação diminua antes da cirurgia. O aparecimento de quistos subcutâneos deve ser tratado de acordo com as indicações do médico.