Como efeito secundário da vacina contra o HPV, algumas mulheres podem sentir vermelhidão, inchaço, calor e dor no local da injecção, e ocasionalmente as mulheres podem sentir dores de cabeça, febre e fraqueza. Não é aconselhável tomar banho durante três dias após a vacinação contra o HPV, pois isto pode desencadear ou agravar os sintomas de infecção local, o que pode levar a pus em casos graves. Se a área estiver vermelha, inchada, quente ou dolorosa, pode aplicar calor local para ajudar a dissipar melhor a inflamação. Em caso de pus localizado, é aconselhável limpar a área com peróxido de hidrogénio, desinfectar com iodophor e aplicar pomada tópica de mupirocina. Em casos de febre e dores de cabeça, recomenda-se o arrefecimento físico para casos ligeiros e a medicação antipirética para casos graves.