A pielonefrite crónica geralmente não pode ser completamente curada, os pacientes terão episódios agudos repetidos, a função renal diminuirá gradualmente e alguns pacientes podem eventualmente levar à uremia. A pielonefrite crónica é muitas vezes causada por pielonefrite aguda, os doentes terão episódios agudos repetidos, com danos intersticiais renais e, em casos graves, haverá danos glomerulares, neste momento, muitas vezes não podem ser completamente curados, e a função renal irá diminuir gradualmente, alguns doentes podem eventualmente levar à uremia. O tratamento da pielonefrite crónica consiste em evitar tanto quanto possível os ataques agudos. Quando ocorre um ataque agudo, é necessário seguir as instruções do médico para aplicar um tratamento antibiótico, geralmente no prazo de duas semanas, o ataque agudo pode ser aliviado, mas não pode ser completamente curado. Os doentes com pielonefrite crónica com função renal diminuída têm de ser tratados com nefropatia integrada, como hipertensão renal, que tem de ser tratada com medicamentos anti-hipertensores, como os comprimidos de libertação prolongada de nifedipina e o irbesartan, e anemia renal, que tem de ser tratada com eritropoietina ou roxarestat. Se a doença tiver progredido para uremia, é necessária uma terapêutica de substituição renal, como a hemodiálise e a diálise peritoneal. Todos os medicamentos acima referidos devem ser utilizados de acordo com o aconselhamento médico. Recomenda-se que os doentes com pielonefrite crónica se dirijam atempadamente aos hospitais regulares e escolham o plano de tratamento adequado sob a orientação do médico, para evitar atrasar a doença.