A gastroscopia é relativamente rápida e, normalmente, pode ser efectuada em 5-10 minutos para uma gastroscopia normal. Se o doente for submetido a uma gastroscopia indolor, esta demorará apenas 15-20 minutos com anestesia. No entanto, também se deve excluir o seguinte: no primeiro caso, se o doente for intolerante, especialmente ao entrar na faringe e no esófago, o doente está mais nauseado e tem dificuldade em entrar, demorará algum tempo. Além disso, se o piloro for mais estreito e difícil de abrir ao entrar no piloro para o duodeno, isso também pode fazer com que o tempo de operação aumente. No segundo caso, em que é necessário tratamento, se forem encontrados pólipos, adenomas, etc. durante a gastroscopia e for necessário manipulá-los, o tempo será prolongado, dependendo da operação.