As fístulas, ou fístulas anais, são tratadas de várias formas, sendo uma delas não cirúrgica, principalmente para controlar a infecção e reduzir os sintomas, com antibióticos contra os bacilos gram-negativos e antibióticos de largo espectro, como as cefalosporinas de segunda e terceira geração ou as quinolonas, e medicamentos anti-anaeróbios, como o metronidazol e o tinidazol, para dar um tratamento anti-inflamatório. Existem também métodos de fumigação disponíveis, como a fumigação perianal com Thornbush fumigation e cremes tópicos para as hemorróidas, como o tylenol composto com queratanato, que podem ter um efeito anti-inflamatório e analgésico. As fístulas anais não podem ser curadas e, se quiser tratá-las completamente, tem de ser operado. A cirurgia consiste principalmente em encontrar o tratamento correcto para a abertura interna, proteger o esfíncter anal, preservar a integridade do anel rectal do canal anal tanto quanto possível e, em seguida, remover a fístula juntamente com o corpo estranho infectado, pelo que uma fístula é uma fístula anal e o tratamento divide-se em vários tipos.