O tratamento dos quistos da bainha do tendão depende da patologia. Se a patologia for ligeira, encolherá gradualmente ou tornar-se-á mais suave após o repouso, ou mesmo desaparecerá por si só, e é normalmente tratada de forma conservadora. Se a doença for grave, é necessário recorrer à cirurgia. A maior parte dos doentes com quisto da bainha do tendão, com o aumento da atividade, terá um fenómeno de aumento do quisto, acompanhado de dor ou de um fenómeno de inchaço local, mas após um repouso suficiente, pode reduzir o volume do quisto, o quisto encolherá ou amolecerá gradualmente e, em alguns casos, desaparecerá por si só, pelo que o tratamento conservador geral. Clinicamente, se o quisto da bainha do tendão for grande e não diminuir, tiver uma elevada taxa de recorrência e afetar a aparência ou a função, é necessária uma ressecção cirúrgica. Se for diagnosticado um quisto da bainha do tendão, recomenda-se que os doentes façam um bom trabalho com as suas próprias medidas de condicionamento, especialmente prestando atenção para evitar desportos extenuantes, proteger as articulações e ir ao hospital para diagnóstico e tratamento em tempo útil se houver alguma anomalia.