Não existe o melhor período de tratamento para a doença de Kawasaki, que deve ser detectado e tratado precocemente para evitar complicações cardiovasculares devidas a um tratamento intempestivo. A doença de Kawasaki é uma doença auto-limitada com um bom prognóstico para a maioria das crianças, com recorrência em cerca de 1-3%. A probabilidade de doença arterial coronária aumenta nas crianças não tratadas. Se não forem tratadas, algumas crianças podem desenvolver doença cardíaca concomitante e ter um pior prognóstico. Os objectivos iniciais do tratamento são o controlo da inflamação, a redução da lesão das artérias coronárias e a prevenção da formação de tumores nas artérias coronárias e do tromboembolismo. Uma vez efectuado o diagnóstico, o tratamento deve ser iniciado o mais rapidamente possível. O acompanhamento de crianças com doença de Kawasaki baseada na doença arterial coronária é importante para melhorar o prognóstico. Os doentes com doença da artéria coronária que persistem após um mês requerem um acompanhamento ao longo da vida.