As causas das doenças cardíacas congénitas são ainda uma minoria, e cerca de 90% das causas não são bem compreendidas e estão relacionadas com muitos factores, que são multifactoriais, tais como factores ambientais. Como mencionado anteriormente, as causas das doenças cardíacas congénitas são múltiplas, pelo que a prevenção é particularmente importante, e com a maioria das causas ainda desconhecidas, é importante começar cedo e ser meticuloso. Alguns peritos salientaram que a principal causa dos defeitos congénitos é a falta de consciência do autocuidado, pelo que a prevenção das doenças cardíacas congénitas em crianças deve começar antes e durante a gravidez. Os cuidados de saúde pré-concepcionais são muito importantes, e os casais que querem ter um bebé devem implementar medidas preventivas rigorosas: comer uma dieta razoável antes da gravidez, proibir o fumo e o álcool, manter-se longe de substâncias tóxicas e nocivas, e suplementar o ácido fólico na quantidade certa; as mulheres devem aumentar a nutrição e reforçar o exercício físico antes da gravidez para aumentar a sua resistência às doenças; as que foram expostas a radiação durante muito tempo ou recebem tratamento com radiação devem engravidar após seis meses sem radiação; as mulheres que são frequentemente expostas a vários pesticidas e medicamentos químicos devem reforçar as medidas de protecção; e as que não usam radiação não devem usá-la. As mulheres devem reforçar as medidas de protecção; não usar ou usar menos tetraciclina, sulfonamida e drogas hormonais, e não usar cosméticos que contenham hormonas. Durante a gravidez, deve ter exames regulares de maternidade para fazer o diagnóstico atempado de doenças hereditárias e defeitos congénitos no feto. Além disso, os pacientes com diabetes e epilepsia são aconselhados a decidir se e quando engravidar sob a orientação de um médico.