O momento ideal da cirurgia depende de uma série de factores, incluindo a complexidade da malformação congénita, a idade e peso da criança, e o desenvolvimento geral e estado nutricional da criança. Para doenças cardíacas congénitas simples, recomenda-se que a criança tenha entre 1 e 5 anos de idade, uma vez que ser demasiado jovem aumenta o risco de cirurgia devido ao baixo peso e ao fraco desenvolvimento geral e estado nutricional; ser demasiado velho aumenta o aumento compensatório do coração e em alguns casos até aumenta a pressão da artéria pulmonar, o que também torna a cirurgia mais difícil e o tempo de recuperação mais longo. Para aqueles com hipertensão pulmonar combinada, malformações congénitas graves que afectam o crescimento e desenvolvimento, malformações com risco de vida e malformações complexas que requerem cirurgia por fases, quanto mais cedo melhor, independentemente da idade. As doenças cardíacas congénitas normalmente não curam por si só e requerem cirurgia ou intervenção. Contudo, defeitos atriais inferiores a 0,5 cm e defeitos ventriculares inferiores a 0,2 cm não precisam de ser tratados, pois não afectam negativamente a função ou o crescimento do coração da criança. Contudo, como a presença de um sopro no coração da criança tem um impacto na educação, emprego e casamento futuros, e como a operação está agora muito madura, alguns pais escolhem operar de qualquer forma devido a estes factores sociais. Existem também pequenos defeitos, tais como defeitos ventriculares na sub-área do tronco, que requerem um tratamento cirúrgico agressivo devido à sua proximidade da válvula aórtica, independentemente do tamanho do calibre.