Os peptídeos de colagénio são utilizados como um medicamento cosmético e podem ter efeitos secundários quando usados durante longos períodos de tempo. As matérias-primas utilizadas nos peptídeos de colagénio são geralmente provenientes de peles de animais como o gado, porcos e peixes criados em cativeiro, o que pode representar um risco se forem utilizados aditivos no processo de alimentação, se a fonte de água estiver contaminada, ou se forem utilizadas peles de animais com doenças como a gripe aviária ou a febre aftosa. Alguns peptídeos de colagénio também adicionarão artificialmente drogas hormonais no processamento, ou terão sabores, cores, etc. A utilização a longo prazo trará muitos efeitos secundários ao organismo, por isso, normalmente quando se utilizam peptídeos de colagénio, é necessário escolher os fabricantes habituais.