O afinamento do córtex renal é geralmente causado por hidronefrose, especialmente uma grande quantidade de hidronefrose, que pode comprimir o parênquima renal e causar isquemia e necrose nos rins, causando assim o afinamento do parênquima renal. A estenose congénita mais comum na prática clínica é a estenose da junção pélvica e ureteral, que é causada por lesões congénitas, resultando numa fraca elasticidade da junção ureteral e pélvica. À medida que a idade aumenta, a estenose torna-se mais pesada, levando a uma acumulação cada vez maior de fluidos, o que pode afectar a função renal e levar ao adelgaçamento do córtex renal. Em segundo lugar, a obstrução adquirida, incluindo cicatrizes devidas a inflamação ou isquémia, pode causar estenose ureteral. Pedras e tumores na pélvis renal e no ureter também podem causar acumulação de líquidos no rim, o que, em casos graves, pode afectar o adelgaçamento do córtex renal. A hiperplasia prostática, a contractura do colo da bexiga, a estenose uretral, os cálculos urinários e a encoprese também podem levar a um esvaziamento deficiente do tracto urinário superior e à formação de hidronefrose, o que, em casos graves, também pode levar a um adelgaçamento do córtex renal. Por isso, quando ocorre um adelgaçamento do córtex renal, recomenda-se um exame urográfico do tracto urinário para verificar a sua causa.