As cebolas roxas podem ser consumidas cruas ou cozidas, cada uma com as suas vantagens e desvantagens: a vantagem de comer cruas é maximizar a retenção da vitamina C solúvel em água e de outros nutrientes; as cebolas roxas cozidas têm a vantagem da desinfeção a alta temperatura, mais segura e mais higiénica.
Comer cebolas roxas cruas pode maximizar a retenção dos nutrientes acima referidos, preservando ao mesmo tempo a vitamina C solúvel em água. 100 g de cebolas roxas contêm 7,4 mg de vitamina C, que é fácil de destruir a altas temperaturas. A vantagem de comer cebolas roxas cozinhadas é que, após a esterilização a alta temperatura, todos os tipos de bactérias, vírus, ovos de parasitas e resíduos de pesticidas serão eliminados ou reduzidos em graus variáveis.
As cebolas roxas contêm selénio, quercetina e outros ingredientes benéficos. O teor de enxofre nas cebolas roxas pode combinar-se facilmente com proteínas ou bactérias no intestino para formar sulfureto de amónio, que ajuda a promover os movimentos intestinais e é adequado para doentes com prisão de ventre.